Met behulp van het Dijkstra-Van Doorn Fonds, fonds op naam van het Prins Bernard Cultuurfonds Overijssel zijn er circa 70 middeleeuwse handschriften (en losse fragmenten) en circa 40 Arabische en Aziatische handschriften gescand en online beschikbaar gesteld. Daarmee is de collectie middeleeuwse handschriften van de Athenaeumbibliotheek volledig gedigitaliseerd en toegankelijk voor iedereen via athenaeumcollecties.nl.
Op deze website is een groot deel van de Athenaeumbibliotheek vanuit huis te raadplegen. De scans zijn te downloaden, te printen en voorzien van extra informatie.
In oktober 2022 kocht de Athenaeumbibliotheek na een geslaagde crowdfunding een blad uit een antifonarium aan. Met behulp van de gemeente Deventer, de Vrienden van de Athenaeumbibliotheek en vele particuliere donateurs hebben we nu een uniek boekblad uit de Lebuinuskerk in onze collectie. En dat is uniek. In Deventer hebben we helemaal geen boeken meer uit de Lebuinuskerk. Bovendien is het niet zomaar een blad, maar een kunstwerk: het is prachtig beschilderd. Jos Smeets vertelt hoe hij samen met Kirstin Gramlich, de cantor-organist van de Lebuinuskerk zich heeft ingespannen om het blad ook daadwerkelijk te zingen
1.Gebedenboek uit Groningen (1520 - 1530)
2.Boek uit het Buiskenshuis in Deventer (1487)
3.Een manuscript van de humanist Girolama Borsieri die in het manuscript Romeinse inscripties verzamelde en monumenten en munten natekende (1600 - 1630).